Medelhavsmuseet ligger på Fredsgatan 2 i centrala Stockholm, vid Gustav Adolfs Torg. Närmaste T-bana är Kungsträdgården eller T-Centralen. Buss 57 och 65 stannar vid Gustav Adolfs Torg. Buss 3 stannar vid Tegelbacken. P-hus finns på Regeringsgatan.